Michael Clayton is een ‘probleemoplosser’ bij een groot advocatenkantoor. Wanneer een topadvocaat van het kantoor in een grote zaak last krijgt van gewetensbezwaren en tijdens een vergadering naakt de sneeuw in rent, wordt Michaels hulp ingeroepen. Hij moet er voor zorgen dat de advocaat ofwel bij zinnen komt en verder gaat, ofwel bij de zaak wegblijft en zeker niet voor de tegenpartij gaat werken. Helaas begint het geweten van Michael langzamerhand ook te knagen.